Xã bắt đầu từ việc thành lập thôn Kim Sơn, hiện vẫn chưa rõ niên đại chính xác, nhưng được phỏng đoán là vào giữa thế kỷ 18. Ông Lê Công Giám là người có công lập thôn, qui tụ dân về nên khi mất được thờ như một vị Thành hoàng.[5][6]

Vào năm 1785, một cửa sông trên địa bàn xã đã được chọn là điểm khởi đầu cho một khu vực phục kích dài 6 km để đánh quân Xiêm. Từ cửa sông xuôi về hạ lưu đến cửa sông Xoài Mút, đoạn sông Tiền đã trở thành nơi quân Tây Sơn do Nguyễn Huệ chỉ huy đánh bại quân Xiêm xâm lược.[7]

Đến trước 1945, xã Kim Sơn thuộc tổng Thuận Bình, quận Châu Thành, tỉnh Mỹ Tho.[8]

Từ 1945 đến 1954, xã Kim Sơn thuộc huyện Châu Thành, tỉnh Mỹ Tho, theo chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Chính quyền Pháp và Quốc gia Việt Nam lại tổ chức hành chính như trước 1945.[8]

Từ 1954 đến 1975, xã Kim Sơn thuộc huyện Châu Thành Nam, tỉnh Mỹ Tho, theo chính quyền Cách mạng Miền Nam. Chính quyền Việt Nam Cộng hòa lại tổ chức hành chính là xã Kim Sơn, tổng Thuận Bình, quận Sầm Giang, tỉnh Định Tường.[8]

Năm 1992, Bộ Văn hóa - Thông tin đã công nhận "Chiến thắng Rạch Gầm Xoài Mút" là di tích cấp quốc gia. Quyết định ký ngày 2 tháng 12 năm 1992.[9][10]

Năm 1999, ấp Mỹ là ấp đầu tiên được công nhận ấp văn hóa. Năm 2001, đến ấp Hội. Năm 2005 ấp Đông, và năm 2009 đến lượt ấp Tây được công nhận ấp văn hóa.[3]

Năm 2001, Khu di tích chiến thắng Rạch Gầm – Xoài Mút được khởi công xây dựng và khánh thành vào ngày 20 tháng 1 năm 2005, nhân "kỷ niệm 220 năm chiến thắng Rạch Gầm – Xoài Mút".[11]

Cuối năm 2011, Tổ hợp tác Sapo Mặc Bắc Kim Sơn được thành lập, tổng số thành viên ban đầu là 33 hộ, diện tích canh tác trên 12 ha.[12]